Bajo la dirección de Pep Guardiola , el Bayern de Múnich continuó su dominio nacional, ganando el título de la Bundesliga a falta de varios partidos, su 25.º de la historia. El equipo contaba con jugadores de talla mundial como Manuel Neuer , Arjen Robben , Franck Ribéry , Thomas Müller , Philipp Lahm y Robert Lewandowski , quien llegó procedente del Dortmund y rápidamente se convirtió en una figura clave. El estilo del Bayern, basado en la posesión y tácticamente fluido, a menudo abrumaba a los rivales de la Bundesliga. Sin embargo, su temporada se vio empañada por las eliminaciones en ambas competiciones de copa: una derrota en la semifinal de la DFB-Pokal ante el Dortmund y una derrota en la semifinal de la Champions League ante el Barcelona . A pesar de las frustraciones en Europa, el Bayern consolidó su condición de potencia indiscutible de Alemania.

Tras una decepcionante temporada 2006/07, el Bayern se reconstruyó bajo la dirección de Ottmar Hitzfeld , con una fuerte inversión. Entre las grandes incorporaciones se encuentran Franck Ribéry , Luca Toni y Miroslav Klose , que transformaron la plantilla. El Bayern arrasó con el título de la Bundesliga , dominando de principio a fin, con Toni marcando prolíficamente. También consiguieron la DFB-Pokal , completando un doblete nacional. En Europa, el Bayern alcanzó las semifinales de la Copa de la UEFA , con victorias memorables sobre el Anderlecht y el Getafe, antes de ser eliminado por el Zenit de San Petersburgo. Veteranos como Oliver Kahn (en su última temporada) aportaron liderazgo, mientras que Ribéry se convirtió en una estrella. Esta temporada restauró la supremacía del Bayern en el fútbol alemán.

Tras alcanzar la final de la Champions League el año anterior, el Bayern tuvo una campaña turbulenta bajo el mando de Louis van Gaal . Defensivamente frágil e inconsistente en la Bundesliga , se quedaron fuera de la carrera por el título pronto, terminando terceros , muy por detrás del campeón, el Borussia Dortmund. Las estrellas Arjen Robben , Franck Ribéry y Thomas Müller siguieron aportando brillantez ofensiva, pero las lesiones y la inflexibilidad táctica perjudicaron los resultados. En Europa, el Bayern fue eliminado en los octavos de final de la Champions League por el Inter de Milán en un empate dramático. También se quedaron cortos en las copas nacionales. Van Gaal fue despedido al final de la temporada, y Jupp Heynckes fue anunciado como su sucesor.

Tras la cima del triplete de la temporada 2000/01, el Bayern tuvo una difícil continuación con Ottmar Hitzfeld . En la Bundesliga , descendió al tercer puesto , muy por detrás del campeón, el Borussia Dortmund. En la Liga de Campeones , el Bayern fue eliminado en cuartos de final por el Real Madrid, sin poder defender su título a pesar de sus buenas actuaciones iniciales. La DFB-Pokal también terminó decepcionante con una eliminación temprana. Sin embargo, el Bayern sí se alzó con el título al ganar la Copa Intercontinental contra Boca Juniors en Tokio, gracias a un gol de Samuel Kuffour. En general, fue una temporada de transición marcada por el cansancio y la inconsistencia tras la gloria del año anterior.

Bajo el mando de Felix Magath , el Bayern de Múnich consiguió otro doblete nacional, ganando la Bundesliga y la DFB-Pokal . El equipo, con líderes como Oliver Kahn , Michael Ballack , Roy Makaay , Bastian Schweinsteiger y Philipp Lahm , combinó experiencia con talento emergente. En la liga, la consistencia y la fortaleza defensiva del Bayern le permitieron terminar cómodamente por delante del Hamburgo, sellando títulos consecutivos. El triunfo en la DFB-Pokal llegó con una victoria por 1-0 sobre el Eintracht Frankfurt. Sin embargo, su campaña de la Liga de Campeones terminó decepcionantemente con una derrota en octavos de final ante el AC Milan. Fue la última temporada de Ballack antes de marcharse al Chelsea, marcando el final de una era.

Con Ottmar Hitzfeld , el Bayern de Múnich logró una de las campañas más históricas de su historia. En el fútbol nacional, se alzó con el título de la Bundesliga en la última jornada gracias a un gol de Patrik Andersson en el tiempo añadido contra el Hamburgo. El culmen de la temporada llegó en Europa: el Bayern ganó la UEFA Champions League , derrotando al Valencia en la tanda de penaltis en Milán tras un tenso empate 1-1, con Oliver Kahn como héroe en la tanda. Entre sus jugadores clave se encontraban Stefan Effenberg , Giovane Élber , Bixente Lizarazu y Mehmet Scholl . Este doblete confirmó la posición del Bayern como la élite europea, al conseguir su primer trofeo de la Champions League desde 1976.

1997/98: Bajo la dirección de Otto Rehhagel , el Bayern de Múnich terminó segundo en la Bundesliga , perdiendo por poco ante el Kaiserslautern. La plantilla contaba con estrellas como Lothar Matthäus , Marcel Witeczek , Giovane Élber y Oliver Kahn , combinando potencia ofensiva, control del mediocampo y estabilidad defensiva. El Bayern compitió con fuerza, pero le faltó la consistencia necesaria para asegurar el título.

1998/99: Bajo la dirección de Ottmar Hitzfeld , el Bayern conquistó el título de la Bundesliga , terminando primero a nivel nacional y alcanzando la final de la UEFA Champions League , donde perdió ante el Manchester United en una remontada dramática. El equipo demostró disciplina táctica, una plantilla sólida y eficacia ofensiva. Este período consolidó el dominio del Bayern en el fútbol alemán y su competitividad europea.

Con Ottmar Hitzfeld , el Bayern de Múnich logró una de las campañas más históricas de su historia. En el fútbol nacional, se alzó con el título de la Bundesliga en la última jornada gracias a un gol de Patrik Andersson en el tiempo añadido contra el Hamburgo. El culmen de la temporada llegó en Europa: el Bayern ganó la UEFA Champions League , derrotando al Valencia en la tanda de penaltis en Milán tras un tenso empate 1-1, con Oliver Kahn como héroe en la tanda. Entre sus jugadores clave se encontraban Stefan Effenberg , Giovane Élber , Bixente Lizarazu y Mehmet Scholl . Este doblete confirmó la posición del Bayern como la élite europea, al conseguir su primer trofeo de la Champions League desde 1976.

1993/94: Con Erich Ribbeck , el Bayern ganó la Bundesliga , su primera desde 1990. Con líderes como Lothar Matthäus , Mehmet Scholl y el delantero Adolfo Valencia , desplegaron un fútbol ofensivo y audaz. A pesar del éxito nacional, decepcionaron en la DFB-Pokal y en Europa.

1994/95: La temporada siguiente fue turbulenta. Ribbeck fue despedido y Giovanni Trapattoni regresó como entrenador. El Bayern cayó al sexto puesto de la liga, con la irregularidad, la tensión en el vestuario y las lesiones minando su campaña. Las esperanzas europeas se desvanecieron pronto y la afición se inquietó.

1996/97: Con el regreso del entrenador Giovanni Trapattoni , el Bayern de Múnich se alzó con el título de la Bundesliga , impulsado por estrellas como Oliver Kahn , Lothar Matthäus , Mehmet Scholl y el delantero Jürgen Klinsmann . Su fútbol disciplinado y pragmático les brindó consistencia, aunque su progreso europeo fue limitado.

1997/98: Con Trapattoni aún al mando, el Bayern terminó segundo en la Bundesliga , superado por el Kaiserslautern en una sorprendente lucha por el título. Sin embargo, alzó la DFB-Pokal al derrotar al MSV Duisburg en la final. A pesar del éxito en la copa nacional, su trayectoria europea fue decepcionante y Trapattoni se marchó al final de la temporada.